Recouvrant par milliards les fonds de la baie, les diatomées sont des algues unicellulaires qui forment une pellicule brune invisible à l'œil nu. La taille moyenne des diatomées oscille, en effet, entre 20 et 150 millièmes de millimètre.
Ces algues microscopiques sont d'une utilité fondamentale pour l'écosystème de la baie. Les huîtres, les moules, les invertébrés benthiques ou même certains poissons comme le mulet se nourrissent des diatomées dont dépend une grande partie de la chaîne alimentaire.
À la différence des herbus, qui forment une masse végétale importante, à renouvellement lent et dont une petite partie est consommable par les moutons, les diatomées ont une capacité de multiplication extraordinaire et une présence discrète.